生平
祖父黃曰中，追贈太僕寺卿。其父黃尊素登萬曆年間進士第，亦為東林黨人。黃尊素曾任監察御史（明熹宗天啟中），受閹黨所害，是「東林七賢」之一。黃尊素死後，黃曰中寫下「爾忘勾踐殺爾父乎」八個大字於牆壁上，激勵黃宗羲報仇，母親姚氏也以此勸勉。
明思宗即位，黃宗羲懷錐入京伸冤，審訊時，以錐擊刺閹黨黨人許顯純，毆打崔應元。審訊閹黨黨人李實之時，又以錐刺李實。聲名四起，人稱「姚江黃孝子」，明思宗嘗嘆其為「忠臣孤子」。從父遺命，師事晚明儒學殿軍劉宗周，得蕺山之學。又苦讀史書，由明代《十三朝實錄》開始，進而遍讀「廿一史」。
參與對閹黨鬥爭，並成為「複社」領導人之一，與「幾社」、「應社」等士人往來，曾參加抗清活動，南明弘光年間，阮大鋮搜捕復社人士，指為東林黨餘孽，黃宗羲亦名列其中，被捕入獄。弘光朝覆滅，乃逃回家鄉。
黃宗羲曾一度東渡日本，全祖望提出黃宗羲東渡乞師，是要向日本求取援軍，反抗清朝；梁啟超則認為黃宗羲當時是為了躲避阮大鋮的報復，才避居日本。
清兵南下時，曾組織「世忠營」武裝抵抗。後屢拒清廷徵召，隱居著述講學。康熙帝曾接連兩次徵召黃宗羲赴京應博學鴻儒試，均遭黃拒絕。康熙帝於是下令地方官員盡錄黃宗羲著作。後康熙帝欲修《明史》，再次想起黃宗羲，曾邀黃赴京主持史局。全祖望《梨洲先生神道碑文》：「宗羲不入史局，而史局大事必咨之，其所辯論，史局常依之資筆削焉。」儘管如此，黃晚年並未拒絕與清朝官員的私人交往，不幹涉子弟門人參與科舉考試，在文章中也採用了順治、康熙等清朝年號，對于康熙也偶有讚美之辭。同為抗清志士的呂留良等人，甚至一度懷疑黃已經變節，但黃宗羲的妥協使得其作品得以避開清朝文字獄，流傳後世。
黃堅守了終身不仕，死時沒用棺木，只在身下放了塊青石板，表達了肉身「速朽」的意願，追思了其晚年以個人品質換明朝文化的流傳的妥協。
黃宗羲有三子，黃百藥、黃正誼和黃百家。
浙東三黃
黃宗羲和他的兄弟黃宗炎、黃宗會都是當時著名的學者，有「浙東三黃」之謂。後代中的黃百家亦是清代著名學者。
學術
黃宗羲學識淵博，大凡天文、歷算、音律、經史百家，釋道、農工等無不深究。治學以捍衛陽明心學自任，力主誠意慎獨之說。亦重史學之鑽研，服膺者如萬斯同、全祖望、章學誠等皆以史學名家，蔚為浙東學派。
黃宗羲從文學角度強調「性情」，反映現實，表達真意。其詩風格樸實，富愛國主義精神，表現出崇高的民族氣節和堅強意志。
天文曆算
黃宗羲並精通天文、曆法和數學。他用推算日食的方法和閻若璩等人考証古文《梅頤尚書》係古人偽作，給當時思想界帶來很大震動。黃宗羲通過對照《國語 (書)國語》，認為古文《尚書·湯誥》是後人「誤襲周制以為《湯誥》」。並得結論「今因推日食于昭十七年六月」（魯昭公十七年夏六月甲戌朔日），「可見《夏書》本文不同孔書、左氏而非偽也，則不能不致疑于古文矣」。西人的數據表明黃宗羲的推算完全正確。
北宋沈括于《夢溪筆談·技藝》中說：「淮南人衛樸精于曆術，一行之流也。《春秋》日蝕三十六，諸曆通驗，密者不過得二十六七，唯一行得二十九，樸乃得三十五，惟莊公十八年一蝕，今古算皆不入蝕法，疑前史誤耳」。沈括之說，世後沒人懷疑。黃宗羲作《春秋日食曆》，對此觀點進行進行了分析和修正。黃宗羲用西漢三統曆推算出魯莊公十八年二月是否有閏，並用授時曆並參考西方曆法，說明了比月頻食是不可能發生的。黃宗羲發現《春秋》中記載的兩次比月食都是「前食而後不食」，並論証了《春秋》中魯襄公二十四年有關月食的記錄是錯誤的，而魯莊公十八年三月日食記錄是可靠。
黃宗羲用歷算的方法對武王克殷的確切年代進行了探討，寫有《歷代甲子考》。他重新推算了孔子的確切生辰日期，並論証了周正建子和周曆改月。
黃宗羲參考西方天文學中本均輪的理論（托勒密的理論）考察了中國「日高于月」的說法。
數學
黃宗羲在有限性、無限性的觀念認識上亦有所建樹。他數學上糾正了朱熹《壺說書》中的相關錯誤。分析了明朝流行的算盤和《數術記遺》中記載的計算器的區別。他對鄉射侯制進行了詳細數學分析。
黃宗羲亦對中國和西方數學進行了平行比較，但由于時代的局限性，他認為西方數學中的一些概念方法不過是對中國古代算術的竊取和修改。
樂律
黃宗羲詳細註解了蔡元定樂律學，糾正了朱熹注《孟子》中的相關樂律錯誤。
地理
黃宗羲詳細刊校了《水經注》，批駁了「分野說」。
思想
時代背景
政治方面，明末社會動亂，李自成發動的甲申之變和吳三桂引清兵入關相繼發生，社會矛盾激化。
經濟方面，明末清初經濟結構的異動，貨幣起到了積累原始資本的作用，僱傭關係的滋生，江南地區手工業資本化活動的日益擴大化，史稱為資本主義萌芽。
文化方面，儒學的世俗化運動極大地衝擊了程朱理學在中國傳統思想體系中的地位。後來陽明學的誕生是儒家思想各家具有生機與活力，這也是黃宗羲思想誕生的母體。
哲學觀點
哲學上反對宋學中「理在氣先」的理論，認為「理」並不是客觀存在的物質實體，而是「氣」的運動規律，認為「氣質人心是渾然流行之體，公共之物也」。具有唯物論的特色。
「盈天地皆心也」的觀點又有唯心論的傾向。這與黃宗羲服贗陽明學，深受其影響有關。黃認為王學中「致良知」的「致」，就是「行」，兩者別無二致。
民主、民本思想
黃宗羲和顧炎武、王夫之等人是明代中國民本思想萌芽的代表人物，《明夷待訪錄》是這方面的重要著作，其中《原君》是其中一篇代表作，黃宗羲於其中充分了探究為君之道，表現出「民貴君輕」的「民本」思想。明末時，黃宗羲提出「天下為主，君為客」、官員應當「為天下，非為君也；為萬民，非為一姓也」，「天子之所是未必是，天子之所非未必非」、「有治法而後有治人」、「必使治天下之具皆出于學校」（學校指一種機構）、「公其非是于學校」等觀點。有學者認為黃宗羲的思想仍屬治權在君，並沒有到達近代民主思想的標準，也有學者認為黃宗羲的思想是近代民主思想，在民權理論上還超越了歐洲的盧梭。另外，有西方學者稱黃宗羲為「中國自由主義先驅」。
黃宗羲定律
黃宗羲定律是指中國曆史上賦稅改革歷朝歷代都有進行，雖賦稅改革目的很多是為了減輕農民負擔，改善國家財政，每次稅賦改革後，農民負擔在短時間內確實有下降，但隨後又增長到比改革進行前更高的水平，國家財政最後也得不到改善。黃宗羲將此稱之為「積累莫返之害」，清華大學秦暉將此現象總結，並命名為「黃宗羲定律」。
中華人民共和國總理溫家寶在記者招待會上曾提到這一定律。
此後被引申到工業社會企業稅費負擔論述中。如劉禹喬、查穎等將其初步引入到中國大陸民營企業稅費負擔研究中。認為目前中國的財政體制是一種「壓力單向傳導機制」，是造成稅改不斷但部分企業稅費負擔不降反升的主要原因。
政治、經濟觀點
主張土地改革，賦稅改革，大量減少胥吏(中下層官員)明清時期，胥吏的大量存在是冗官冗員的主要表現，特別是大量編外人員即白員的存在，成為政治腐敗和社會黑暗的重要原因。他們依據自身的政治身份，形成利益集團，盤剝百姓，作威作福，成為社會的寄生階層。他們的大量存在，擾亂國家和社會的秩序，加重國家的財政負擔和民衆的負擔，敗壞社會風氣，白員問題可以說是拖垮明清兩代統治的重要因素之一。即使時至今日這種問題依然存在，是中國專制政治的一種病態表現。所以黃宗羲提倡大量減少胥吏，革新政治，淨化社會風氣。
反對傳統重農抑商，認為並強調「工商皆本」。
文學觀點
主張文學應當反映現實社會，表達作者的真情實感，這具有現實主義的特點。不滿明代文學的刻意摹擬，摘抄剽竊之風。
文風
黃宗羲文章直抒胸臆，不事雕琢，寫了許多傳記，大力表彰愛國志士和抗敵英雄。
教育
黃宗羲在理論上和實踐上是一位傑出的教育家。黃宗羲在他的名著《明夷待訪錄》中專門列出《學校》一章。他認為學校中也要析講時事時政，要明是非之理，也要對政府行為有所監督。認為學校的領導（「學官」）需要有較大的權力。學校也應廣開言路，成為輿論場所。這種學校議政，參與是非判斷，言論倡民主的觀點在當時非常新穎。
黃宗羲並認為「學貴履踐，經世致用」，這種理論實踐並重的教育學習觀點與他深受陽明學中「知行合一，知行並進」密不可分。
黃宗羲在今浙江寧波、紹興等地辦學講學，培養了很多學生。
評價
• 馬敘倫稱道黃宗羲是秦以後二千年間「人格完全，可稱無憾者」的少數先覺之一。
• 顧誠《南明史》批判黃宗羲的基本論點只是一句話，東林人士是「君子」，與東林異調者為「小人」。夏允彞《倖存錄》書中說：「東林之持論高，而于籌邊制寇，卒無實著。」黃宗羲真不愧是劉宗周的弟子，反駁道：「夫籌邊制寇之實著，在親君子遠小人而已。」
• 全祖望則批評黃宗羲晚年的文章質量參差不齊，和過多的諛墓之作，有負盛名，「多應親朋門舊之請，以諛墓掩真色」。
• 張岱年：「黃梨洲是中國過去民主思想的一個偉大的代表。」
著名弟子
• 萬斯同
• 萬斯大
• 全祖望
• 章學誠
• 邵晉涵
• 仇兆鰲
• 黃百家
著作
• 《明儒學案》（中國第一部學術史）
• 《宋元學案》（全祖望補足）
• 《明史案》（迄今未見）
• 《明文海》
• 《明夷待訪錄》
• 《行朝錄》
• 《今水經》
• 《大統曆推法》
• 《四明山志》
• 《南雷文定》
今人編有《黃宗羲全集》
遺蹟
• 黃宗羲墓；位于餘姚城東南化安山下龍山東南麓，今陸埠鎮十五嶴村。
• 餘姚龍泉山四先賢故里碑亭之一。碑文：明遺獻黃梨洲故里。楹聯：孝子忠臣祀典千秋列東廡，儒林道學史家特筆著南雷。橫額：名邦遺獻。乾隆年間立。
