創設

始設于明景泰二年（1451年），駐節于南直隸淮安府城（今江蘇省淮安市楚州區），全稱為「總督漕運兼提督軍務巡撫鳳陽等處兼管河道」，不僅管理跨數省長達3000多華里的運河沿線，並且還地方行政事務，在明代和清初（1649－1659）兼廬鳳巡撫，管理鳳陽府、淮安府、揚州府、廬州府和徐州、和州和滁州3州；自清末的1860年（咸豐十年）起節制江蘇長江以北諸鎮、諸道。而各省的督糧道，都隸屬于漕運總督。

隋唐以後歷代朝廷都十分重視運河漕運，以其為國家經濟的命脈。自隋代開鑿大運河，朝廷就在淮安設漕運專署，宋設江淮轉運使，東南六路之粟皆由淮入汴而至京師。明朝在設立漕運總督之前，1404年，永樂皇帝設武職漕運總兵，為正二品銜，率12萬軍隊，專門負責漕運。1451年，設立文職的漕運總督，與總兵同理漕務，稱為文、武二院，二者享有同等的權力。每年年初，總漕巡視揚州，經理瓜洲和淮安的漕船過閘事宜，總兵到徐州督管漕船過百步洪、徐州洪等，同理漕參政管押赴京。1621年，才裁撤漕運總兵，而專任文職。

每年漕船到達這裡後，需接受漕台衙門的盤查，上萬艘糧船的船工水手、漕運官兵在此停留，南來北往的商人在此進行貨物交易，旅客也在此盤桓，更加之在這裡設常盈倉兩處、常平倉兩處、預備倉三處、莊倉五處。因此促成淮安城市的繁榮：「揚州千載繁華景，移在西湖嘴上頭。」

漕運總督的屬下有理漕參政、巡漕御史、郎中、監兌、理刑、主事等級別和職掌各不相同的屬官。督催有御史、郎中，押運有參政，監兌、理刑管洪、管廠（造船廠），管閘有主事。文官武將及各種官員達270多人；還下轄倉儲、造船、衛漕兵丁2萬餘人。其中規模最大的造船廠位于清江浦。

裁撤

1860年，裁撤南河總督，將漕運總督從淮安府城移駐原南河總督署，15千米外的清江浦。

1901年，清朝頒布停漕改折的命令。保留每年從上海海運漕糧一百萬石至天津，再改由鐵路火車運到北京。

1905年初，由于漕運已停，裁撤漕運總督及各省糧道等官，改置江淮巡撫，駐紮清江浦，同年也被裁撤。　　

明朝時期

明太祖朱元璋曾經設置京畿都漕運司與漕運使，專門負責漕運。洪武元年，漕運使為正四品官員，並設置知事，正八品，提控案牘，從九品，屬官監運，正九品。洪武十四年，罷黜。明成祖朱棣打敗明惠帝之後，因永樂遷都，設置漕運總兵官，命平江伯陳瑄治理漕運。宣德年間，明宣宗派遣侍郎、都御史、少卿等官監督漕運。景泰二年，因漕運不斷，明景帝命副都御史王竑為首任漕運總督，兼巡撫淮安府、揚州府、廬州府、鳳陽府四府；徐州、和州、滁州三州，治理淮河。

成化八年，分設立巡撫、總漕各一員。次年，恢復舊制。正德十三年，又分設；三年後又恢復舊制。嘉靖三十六年，因抵禦倭寇進犯，增設提督軍務巡撫鳳陽都御史。嘉靖四十年，合併，改為總督漕運兼提督軍務。萬曆七年，加兼管河道。

清朝時期

順治、康熙

雍正、乾隆

嘉慶、道光

咸豐、同治

光緒

漕運總督部院遺址

現在位于淮安市淮安區城區中心的漕運總督部院遺址，與淮安城南門、門前的鎮淮樓、後面的淮安府衙在同一條中軸線上。這裡最初由宋乾道六年（1170年）錄事陳敏興修建，元時為淮安路總管府，1293年阿思重修。明洪武元年（1368年）淮安知府范中政改建為淮安府署。洪武三年（1370年），知府姚斌改為淮安衛指揮使司。成化五年（1469年），通判薛淮重修，嘉靖十六年（1537年），都御史周金在城隍廟東新建都察院分署。隆慶五年（1571年）知府陳文燭將此重修。萬曆七年（1579）都御史凌雲翼將淮安府遷往城隍廟東，移總督漕運部院于此。漕運公署機構龐大，整個建築有213間，占地約三萬平方米。