太平興國三年（978年）李昌齡舉進士，出任大理評事、通判合州。歷任將作監丞、右贊善大夫、通判銀州。京城開金明池，李昌齡獻詩百韻，被宋太宗嘉賞，擢升為右拾遺、直史館。改任右補闕、出知滁州。又起為淮南（治所在今江蘇省揚州市）轉運使，轉任戶部員外郎、知廣州。為官不能廉潔自守，淳化二年（991年）召還。因為他多貯輜重，被人上書彈劾。擔任知審刑院事、權判吏部流內銓，轉任右諫議大夫、充戶部使。淳化三年（992年）拜御史中丞，彈劾陝西轉運使鄭文寶生事邊境、築城沙磧、輕變禁法，鄭文寶被貶湖外。至道二年（996年）拜為參知政事，無所建樹。至道三年（997年），太宗去世前後，他勾結胡旦、內侍王繼恩，謀立楚王趙元佐為皇帝。宋真宗即位後，貶他為忠武軍節度使行軍司馬。咸平二年（999年）入朝為殿中少監，最後以秘書監致仕。大中祥符元年（1008年），李昌齡卒。