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《資治通鑑綱目》創造了一種新的「綱目體」史書體裁，實為編年體的變種，明代南軒、商輅又各別為《資治通鑑綱目》撰寫了「前編」和「續編」。但是《通鑑綱目》並沒有做原始材料的收集與裁定，所以連一般歷史家所作的初步工作也沒有，史學價值不高。南宋人王應麟即表示：「《綱目》刪『玄不敢複言，乃令張玄重請』二句，則圍棋為張玄乎？謝玄乎？」章太炎亦曰：「《綱目》本之《資治通鑑》，非晦庵親著，乃其弟子趙師淵所作。「孔子作《春秋》，筆則筆、削則削，游、夏之徒不能贊一詞。」晦庵則付之弟子，而自居其名。唐喬補闕知之有婢曰碧玉，善歌，知之為之不婚。不婚者，不娶婦也。《綱目》去一不字，曰：『知之為之婚。』紕謬之處，可見一斑。」宋、明以來，有許多人為《資治通鑑綱目》附加價值，如尹起莘寫了《發明》，劉友益寫了《綱目書法》，汪克寬寫了《綱目凡例考異》，明人瞿佑為其書考訂正誤，永樂八年刻行瞿佑的《資治通鑑綱目集覽鐫誤》，把《資治通鑑綱目》更加神秘化。

崇禎三年陳仁錫將三書合印出版時，已有朱熹、王柏、文天祐、李方子、尹起莘、劉有益、揭傒斯、賀善矩、倪士毅、汪克寬、王幼學、徐昭文、陳濟、楊文貞、馮智舒、黃仲昭、余以能等多人舊序。另外，陳濟撰《綱目集覽正誤》，馮智舒撰《綱目質實》，元人王幼學編有《資治通鑑綱目集覽》五十九卷。還有陳桱修成《通鑑續編》二十四卷，陳均的《皇朝編年綱目被要》三十卷和《中興兩朝綱目備要》十八卷，不著撰人的《兩朝綱目備要》十六卷。

康熙四十六年（1707年），清聖祖為《資治通鑑綱目》加上御批，由宋犖等重新匯編，校刻出版，命名《御批通鑑綱目全書》，凡一百九十卷，加強了這本書的政治性，乾隆十一年閏三月修成《御撰資治通鑑綱目三編》，共二十卷，此書乃賡續明嘉靖翰林院庶吉士南軒編寫的「前編」，朱熹的《資治通鑑綱目》「正編」與商輅的《續資治通鑑綱目》而作。邵廷採就說：「《尚書》、《春秋》經而史矣」，《通鑑》、《綱目》「史而經矣」。