「雅好文學，能詩，工書，交遊多名士，時譽籍甚」，以父蔭累官大同參將，後來在萬歷二十年，順義王撦力克縶獻史、車二部長，林以制敵功，又進副總兵，萬曆二十七年擢署都督僉事，為遼東總兵官，曾經上書陳邊務十策，文中多觸文吏積弊，於是最終不能實行。後礦稅使高淮橫恣，林力與抗，被淮劾奪職，給事中侯先春論救，結果又被戍煙瘴，久之，方遇赦免。

薩爾滸之戰中，馬林被起用為北路主帥，率北路開原軍出三岔口，三月初一抵尚間崖（在薩爾滸東北），得知杜松軍兵敗，不敢前進，將軍隊分駐三處就地駐紮，挖掘三層塹壕，將火器部隊列於壕外，騎兵殿後，又命部將潘宗顏、龔念遂分屯大營數里之外，以成犄角之勢，構成一個品字形。大貝勒代善率八旗主力轉鋒北上，直攻尚間崖，努爾哈赤親率三千精銳朝龔營最薄弱的一隅猛衝，三月初三，龔念遂營陣被破，龔念遂、李希泌戰死，至午，努爾哈赤直奔尚間崖，命「先據山巔，向下沖擊」，馬林一時驚恐，立即命令壕內的精銳步兵出壕援助，努爾哈赤見馬林營內與壕外兵匯合，又命「停止攻取山上，下馬徒步應戰」，大貝勒代善、二貝勒阿敏、三貝勒莽古爾泰各率軍前後夾擊，大敗馬林軍，奪尚間崖，當時明軍急發鳥槍、放巨砲，「火未及用，刃已加頸」。接著率兵一面強攻、三麵包圍飛芬山，潘宗顏「奮呼衝擊，膽氣彌厲。」後金攻勢猛烈，明軍寡不敵眾，宗顏戰死，其死時「骨糜肢爛，慘不忍睹」至此北路明軍被殲。馬林二子馬燃、馬熠，皆戰死，「死者彌山谷，血流尚間崖下，水為之赤。」馬林忽聞「敵至，林甚恐，遂提部下兵，避其鋒以去」，僅以數騎逃回開原。原本前來支援明軍的葉赫貝勒金台吉、布揚古則「聞明軍敗，大驚而遁」。後來馬林鎮守開原，戰死城中。

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