生卒年不詳，曾擔任大理寺丞。至道元年（995年），朝廷有大臣提議修築白渠，度支判官梁鼎等人上書，「請遣使先詣三白渠行視，復修舊跡。」朝廷下令皇甫選與光錄寺丞何亮前往視察，「按視經度」，但無結果。至道二年，陳靖奏進「給授田土之制」，建議「募民耕田，官給耕具糧種」，宋太宗任命陳靖為勸農使，皇甫選、何亮為勸農副使，巡視陳、許、蔡、穎、襄、鄧、唐、汝各州，勸勉農民墾田。皇甫選認為此事難以成功，三司使陳恕也認為不可行，遂不了了之。真宗時，官至兩浙提點刑獄，任內縣邑有懸案未決，皇甫選都請韓億斷決。大中祥符三年（1010年）正月乙未，皇甫選將所管轄地區的囚犯都囚禁於別處，然後妄奏牢獄已空無一人，此事被杭州知州王濟告發。被罰金三十斤，徙江南路。宋真宗曾和群臣討論皇甫選好談論民政，王旦則認為皇甫選「好師慕古人，而臨事迂闊，無益於用。」

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